6500万年前―――この地球を支配するのは恐竜たちだった。
ある日、地球征服を目論む地球外勢力が恐竜たちを機械化（兵器化）するために根こそぎ捕獲していく。
こうして地球から恐竜たちは絶滅したのだった。
氷河に取り残されたティーレックス“赤竜”だけを残して・・・・。
やがて機械化された恐竜たちは次々と惑星を征服し、自らが主となって《機械恐竜帝国》を築く。

2028年―――最新のDNA技術で恐竜を現代に蘇らせた人類の前に、再び《機械恐竜帝国》の影が忍び寄る。
《機械恐竜帝国》の巨大宇宙船が地球に迫った時、突如、宇宙船が大爆発を起こす。
レシアス率いる《宇宙反乱軍》が彼らの地球侵略を阻止したのだ。
レシアスは地球に緊急メッセージを送る。
「《機械恐竜帝国》が間もなく地球に本格的に侵略してくる。至急その備えをする必要がある」と。
【レシアスの予言】を聞いた《宇宙反乱軍》は、武装化した恐竜“アーマードサウルス”を生み出す。
同時に恐竜パイロットを選抜、育成する《Ｄアーマー》を設立した。

2041年―――配達アルバイト中のジン（15歳）は、突如として現れた機械恐竜に命を狙われる。
ジンの命を救ったのは、少年少女たちが操縦する武装化恐竜、“アーマードサウルス”と
永い眠りから目を覚ました伝説の恐竜・ティーレックス“赤竜”であった。
謎の胸の痛みを抱えながら、目の前で起こった信じがたい光景にジンは気を失ってしまう・・・。

何故、“赤竜”は永い眠り目を覚ましたのか？
何故、“赤竜”はジンを助けたのか？
そして、ジンとは一体何者なのか・・・？

“Ｄアーマー”の一員となったジンは、
恐竜パイロット育成学校「Ｄアーマー・アカデミー」で個性的豊かなパイロットたちと共同生活を始める。
時にぶつかりあいながらも互いの信頼、友情を深めていくパイロットたち。
そこに《機械恐竜帝国》の新たな敵が現れ・・・・。

6500万年の時を経て繰り広げられる史上最大の戦いが今、始まる！